Berdirinya Universitas Muara Bungo tidak terlepas dari diberlakukannya Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang pemerintahan daerah dalam memberikan kewenangan dan tanggung jawab yang besar bagi provinsi dan Kabupaten/Kota. Berangkat dari keinginan luhur itulah, Pemerintah Daerah Kabupaten Muara Bungo yang pada hakikatnya bertujuan dan dikonsentrasikan untuk mencapai masyarakat sejahtera, adil dan makmur lahir bathin. Seperti termuat dalam Pokok-Pokok Reformasi Pembangunan Daerah Kabupaten Bungo yaitu memampukan dan memandirikan masyarakat Bungo, untuk menanggulangi krisis pada bidang ekonomi, politik, hukum, agama dan sosial budaya. Disamping itu pembangunan juga diarahkan untuk memperluas kesempatan kerja, mendorong peningkatan pendapatan dan pemerataan hasil-hasilnya.

Atas inisiatif Bupati Muara Bungo, H. Zulfikar Achmad berkirim surat ke Menteri Pedidikan Nasional yang isinya adalah untuk mendirikan Universitas Negeri di Muara Bungo atau melakukan penggabungan perguruan tinggi swasta yang sudah ada. Sambutan Menteri Pendidikan Nasional melalui surat Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas Nomor 1551/D2.2/2007 tanggal 29 Juni 2007 perihal Usulan penggabungan, tidak mengizinkan untuk mendirikan Universitas Negeri, mengingat PAD Kabupaten Muara Bungo pada saat itu masih belum memenuhi persyaratan, tetapi pihak Depdiknas mendukung upaya untuk melakukan penggabungan perguruan tinggi swasta yang sudah ada.

Rektor